Como gobernador de Salta durante seis años, demostró su valentía y liderazgo tanto en la Guerra de la Independencia como en las guerras civiles argentinas. Güemes fue un colaborador cercano de José de San Martín y un estratega militar innovador. También mantuvo una amistad y una nutrida correspondencia con Manuel Belgrano.

A pesar de su popularidad entre gran parte de la población, Güemes fue odiado por la élite salteña y finalmente fue traicionado y baleado el 7 de junio de 1821. Después de un intento de destitución por parte del Cabildo de Salta, decidió refugiarse en el campamento de Velarde. Sin embargo, regresó a la ciudad de Salta y fue emboscado por una partida realista. Resultó herido de bala y huyó hacia la quebrada de la Horqueta, donde finalmente murió después de diez días de agonía.

En conmemoración de su figura, el Congreso de la Nación Argentina declaró el 17 de junio como el Día Nacional de la Libertad Latinoamericana. Desde 2016, esta fecha se ha convertido en un feriado nacional y día no laborable en todo el país.

El Museo Histórico Nacional (MHN) ha organizado una muestra virtual llamada "Güemes, líder revolucionario", que se inauguró el 17 de junio de 2021 en conmemoración del bicentenario de su fallecimiento. Esta exhibición contiene objetos y documentos relacionados con la historia de Güemes que normalmente no se exhiben y se puede acceder a ella a través del sitio web del museo. La muestra virtual permite observar en detalle las piezas de la colección y visitarla desde cualquier lugar. Gabriel Di Meglio, director del museo, destaca que la exhibición se centra en tres facetas importantes de la historia de Güemes: su papel como guerrero de la independencia, su contribución en la expedición de San Martín a Chile y Perú, y su custodia de la frontera norte contra las fuerzas realistas.

Es importante recordar a Martín Miguel de Güemes como un líder revolucionario que desempeñó un papel crucial en la historia de la independencia de Argentina y la emancipación latinoamericana.